Presso l'Osteria Il Capodaglio si trovano proposte di pesce che tradiscono l'anima non totalmente toscana della trattoria.
La cucina regionale viene completata da un lato partenopeo che porta la pizza e anche una scelta di piatti a base di pesce, molluschi e crostacei.
La pasta fresca viene completata da frutti di mare, pesce spada, cozze, vongole e gamberi. I piatti di pesce, ancor di più di quelli di carne, sono variabili poiché dipendono fortemente dalla spesa fatta al mattino presso il mercato cittadino, dove i titolari si recano per procacciare il pesce migliore per poter preparare squisite pietanze per i loro clienti. Similmente ai vegetali, anche il pesce ha le sue stagioni dettate dai ritmi riproduttivi e subisce anche migrazioni che possono renderlo più o meno disponibile. La scelta di utilizzare prodotti freschi anziché surgelati ripaga con una maggiore qualità, anche se si deve essere maggiormente flessibili nelle preparazioni.
Quello che accomuna carne e pesce è la griglia che viene utilizzata sia in modo tradizionale che per arrostire pesci interi nella brace, cuocendo in modo lento ed uniforme le carni degli abitanti del mare. Un tempo, sicuramente, a Pisa si trovava una quantità di pesce maggiore grazie alla sua flotta di pescherecci direttamente sulla costa, ma il tempo ha decretato il suo allontanamento dal Mar Tirreno e la sua anima tradizionale è maggiormente vocata alla carne.
Per un pasto totalmente a base di pesce si può optare per una zuppa di pesce o per una pasta accompagnata da un condimento di molluschi per arrivare alle preparazioni fritte o grigliate dei secondi. Gli elementi che possono essere presentati come piatti a sé stanti si trovano anche sulle pizze sulle quali troneggiano accanto ai tipici formaggi campani che rendono famose le preparazioni da forno partenopee.